Curs 3DSlicer - cuprins
01a. Cum sa instalez 3DSlicer pe MacOS X?
Un video rapid despre instalarea 3DSlicer pentru detinatorii de MacBook
01b. Cum sa instalez 3DSlicer pe Windows OS?
Un video rapid despre instalarea 3DSlicer pentru detinatorii de Windows
02. Cum transform fisierele DICOM(*.dcm) in Nifti(*.Nii)?
In 3DSlicer este mult mai facil sa lucram cu o singura imagine (nifti) decat cu sute de imagini dicom ale aceluiasi organ. Desi putem incarca imaginile DICOM in 3DSlicer, acest gest ar avea utilitate strict in vizualizarea imaginilor. In momentul in care vrem sa utilizam 3DSlicer la adevaratul potential, este necesara utilizarea imaginilor nifti (*.nii).
03. Cum instalez extensiile in 3DSlicer?
3DSlicer este un instrument extrem de versatil. Ceea ce il face insa exceptional este posibilitatea dezvoltarii de extensii de catre programatori cu experienta neafiliati 3DSlicer, ce pot fi incarcate fara a afecta functionalitatea programului si fara sa fie necesar update-ul programului. Mai mult, extensiile pot particulariza fiecare instalare, micsorand astfel spatiul necesar instalarii.
04. Cum vizualizez in RMN sau un CT in 3DSlicer?
Dupa 3 episoade in care ne-am pregatit, a venit vremea sa incepem sa lucram! Incarcarea RMN-ului si a CT-ului e identica - doar drag&drop in fereastra 3DSlicer. Abia acum incepe partea interesanta!ubtitlu
05. Cum coregistrez doua imagini in 3DSlicer?
Pana si in cadrul aceleiasi investigatii imagistice orientarea secventelor nu este aceeasi. Fie ca pacientul se misca, fie ca sunt necesare alte orientari ale secventelor, imaginile sunt rotite sau translatate. Orice analiza a mai multor imagini implica in primul rand coregistrarea sau suprapunerea lor perfecta. In acest episod invatam cum se coregistreaza doua imagini. Am luat ca exemplu un FLAIR si un T1, insa putem folosi acelasi principiu pentru RMN si CT, RMN si PET, etc.
Pentru acest curs aveti nevoie sa cunoasteti transformarea DICOM in NifTI (v. ep. 2 - cum transformam imaginile DICOM in NifTI) si o extensie (v. ep 3 - cum instalam extensiile in 3DSlicer)
06. Cum segmentez in 3DSlicer folosind „threshold” ca metoda principala?
Astazi vom invata sa segmentam o leziune folosind metoda pragului, sa stergem, sa folosim foarfeca, sa izolam o insula, etc.
07. Cum segmentez in 3DSlicer folosind „Grow from seeds”?
O alta modalitate de a segmenta o leziune in 3DSlicer este "grow from seeds". Am incercat sa va prezint atat modalitatea aceasta cat si cuantificarea volumetrica a unui segment.
08. Cum segmentez in 3DSlicer folosind medota „Fill between slices”?
O alta metoda de a segmenta este "Fill between slices" care doar completeaza spatiile goale dintre desenele noastre.
09. Cum creez masca unei structuri in 3DSlicer?
Pentru a decupa o zona dintr-un RMN avem nevoie de instructiuni clare pentru programul nostru. De asemenea, cand dorim sa spunem unui program de inteligenta artificiala: "Asta e ce ma intereseaza", de asemenea ne trebuie instructiuni bazate pe "da" si "nu" (sau 1 si 0). Aici intra in scena masca unei structuri.
10. Cum vizualizez un PET-CT in 3DSlicer?
Astazi discutam despre PET-CT si cum il vizualizam corect - nuante de gri, curcubeu, suprapunere, mascare si transparenta.
11. Chiar se vede osul pe RMN? 3DSlicer
Am auzit de atatea ori ca "nu se vede osul pe RMN" incat m-am hotarat sa creez un film special sa demonstrez contrariul. Este o prezentare putin mai complexa, insa...de-asta participati la curs, nu?
12. Cum segmentez in 3DSlicer folosind inteligenta artificiala?
Baietii vesnic buni de la NVidia eu elaborat un soft de inteligenta artificiala care permite reconstructia semiautomata a structurilor anormale. Este suficient sa le incadram intre 6 puncte si extensia se ocupa de restul.
13. Cum masor volumul unei tumori in 3DSlicer?
Una dintre cele mai importante functii in 3DSlicer o reprezinta masurarea volumului unei tumori, fie pentru a putea calcula gradul de rezectie tumorala, fie pentru a evalua progresia sau regresia dimensionala, etc.
14. Cum rotesc un RMN in 3DSlicer?
Nu intotdeauna investigatiile imagistice sunt orientate in spatiu asa cum ne dorim. Pentru asta, avem cateva optiuni de rotire a imaginii
15. Cum incarc in 3DSlicer fisierele FreeSurfer?
Daca versiunile mai vechi de 3DSlicer incarcau direct fisierele, ultimele versiuni necesita o serie de pasi suplimentari. Chiar si asa, toate functiile vechilor variante sunt acum nu numai pastrate, ci chiar imbunatatite. Spor la lucru!
